Evangelická církev augsburského vyznání v ČR (ECAV v ČR) byla znovuobnovena po rozpadu Česko-slovenské federace roku 1993 transformací Slovenského evangelického sboru augsburského vyznání v Praze, jediného sboru Slovenské evangelické církve a. v. v bývalé Česko-slovenské federaci na území České republiky.
Reformace Dr. Martina Luthera se velice rychle dostala na Slovenskoprostřednictvím studentů a obyvatel hornických oblastí německé národnosti. Do konce 16. století bylo celé území Slovenska na straně reformace. Následující pronásledování evangelíků v době protireformace trvalo až do vydání tolerančního patentu v r. 1781. Následkem tvrdé protireformace se evangelíci a. v. na Slovensku stali menšinou. Po vzniku Československé republiky v r. 1918 získali Slováci národní svobodu. Slovenský stát (1939–1945), spojenec Hitlerova Německa, nepřál slovenským evangelíkům. Členové církví i někteří faráři se podíleli na odboji proti tomuto státu. Ještě horší situace byla v době vlády komunismu (1948–1989), kdy bylo 47 duchovních vězněno, a stovce byl odebrán státní souhlas k duchovenské činnosti. Svobodný rozvoj církve nastal až po revoluci v listopadu 1989.
Slovenský evangelický sbor v Praze byl založen po druhé světové válce v roce 1947. Již po vzniku Československé republiky r. 1918 se značná část slovenských evangelíků ocitla v Praze, resp. na jiných místech historických Českých zemí. Slovenští evangelíci před založením vlastního sboru v Praze navštěvovali bohoslužby v jiných sborech. Počet přistěhovalců vzrostl po roce 1939, kdy se mnoho smíšených manželství muselo vystěhovat ze Slovenska. Silný proud stěhování Slováků do Čech nastal po 2. světové válce. Osídlovali zvláště pohraničí. Pro nově založený sbor se jim podařilo získat prázdný kostel sv. Michala v Jirchářích, který do konce roku 1945 užívali němečtí evangelíci žijící v Praze. V chrámu sv. Michala v r. 1923 koncertoval Albert Schweitzer. V roce 2017 slaví sbor 70. výročí svého založení.
Po roce 1989 začali do České republiky přicházet misionáři z různých zemí. Jedním z nich byl farář českého původu James Alton Krikava z Evangelical Lutheran Synod v USA, který stál u zrodu tří sborů ECAV v ČR: sboru anglicky mluvících v Praze, českého sboru v Plzni a českého sboru v Praze. České sbory ECAV v ČR navazují na tradici českých luterských sborů. Vyplňují tak prázdný prostor, který na území Čech vznikl roku 1918 unií mezi církví augsburského vyznání a církví helvetského vyznání, která v posledu vedla takřka k úplnému vytracení luterských sborů a luterství jako takového. České sbory ECAV v ČR silně akcentují nejen Lutherův věroučný, ale i liturgický odkaz: svátost Večeře Páně je vysluhována při každých Službách Božích, jako bohoslužebná kněžská roucha se používají alby, štoly a ornáty v liturgických barvách.